Bulmaca tutkunu lise birinci sınıf öğrencisi Kaito, "Phi Brain" için aday gösterilir. Arkadaşı Nonoha ile okulunun yakınında "çözülemez bir bulmaca" bulurlar. Bulmaca, gizemli P.O.G. (Puzzle Of God - Tanrı'nın Bulmacası) grubu tarafından yaratılmış, hayatı tehdit eden bir "filozof bulmacası" çıkar. Bulmacayı başarıyla çözdükten sonra Kaito bir Çözücü olarak atanır ve diğer Çözücülerle birlikte "filozof bulmacalarını" çözerek dünya çapında P.O.G. ile savaşırlar.