Japonya'nın yakın geleceğinde "Mushi" adı verilen grotesk canavarlar ortaya çıkar. İnsanları enfekte ederek doğaüstü güçler verirler. Mushi'nin taşıyıcıları olan "Mushitsuki"ler toplum tarafından korkulur, nefret edilir ve terk edilir... ya da Mushi tarafından öldürülürler. Bu karmaşanın ortasında, yeni transfer olduğu okula giderken lise öğrencisi Kusuriya Daisuke bir kızla karşılaşır. Nasılsa, tren yolunun kesişiminde duran kız Anmoto Shiika ile birbirlerine çekilirler. Sanki birbirlerindeki eksikliği fark etmiş gibi, ilişkileri hızla derinleşir. Ancak Shiika, Mushitsuki'ler için gizli bir sığınma yeri olan GARDEN'dan kaçmış biridir. Mushitsuki'leri bulup sığınma evine kapatmaktan sorumlu olan Tokkan (Özel Çevre Koruma Ajansı), en iyi ajanı ve en güçlü Mushitsuki olan Kakko'ya avlanma emri verir.