Kaname Chidori, modern Japonya'da sıradan bir genç kızdır. En azından, Souske Sagara adında bir çocuğun etrafında dolaşmaya başlaması ve tamamen paranoyak bir askeri saplantı gibi davranması öncesinde böyle düşündü! Okul gezisi kaçırıldığında ve Kuzey Kore'ye götürüldüğünde her şey açıklanmaya başlar; Kaname kaçırılır ve ona bir Whispered olduğu söylenir. Whispered'lar genetik anormallerdir; matematik, bilim ve teknoloji konularında son derece gelişmiş bilgiye sahip olarak doğmuş varlıklardır. Souske, onu kurtarmak için gelir ve MITHRIL adlı gizli askeri organizasyonda eğitimli bir uzman olduğunu, dünyayı korumak ve Whispered'ların teröristler tarafından kötüye kullanılmasını engellemek için yemin ettiğini ortaya çıkarır. Artık ne olduğunu ve Souske'nin ne amaçla gönderildiğini bildiğine göre, liseyi bir parça halinde geçebilir mi?