Ortam, Üçüncü Kutsal Kase Savaşı'ndan sonra Büyük Kutsal Kase'nin gizemli bir şekilde Fuyuki'den kaybolduğu Fate/stay night'ın paralel bir dünyasıdır. Uzun yıllar süren sessizliğin ardından, Beşinci Kutsal Kase Savaşı'nın olacağı zamana yakın bir zamanda, büyücü ailesi Yggdmillennia, Büyücüler Birliği'nden açıkça ayrıldığını ve Kase'ye sahip olduğunu ilan eder. Birlik, onu geri almak için elli büyücü gönderir ve gizemli bir Hizmetkar tarafından anında katledilenlerden sadece biri hariç hepsi ölür. Geriye kalan tek kişi, Büyük Kase'nin yedek sistemini aktive ederek toplamda on dört Hizmetkar çağrılmasına olanak tanır. Trifas şehrinde, iki taraf kutsal emanetin kontrolü için savaşacak, her biri kendi yedi Hizmetkardan oluşan takıma sahip olacaktır: Kase'yi koruyan Yggdmillennia üyelerinden oluşan Kara Taraf ve Kase'yi geri almaya çalışan Büyücüler Birliği tarafından gönderilen üyelerden oluşan Kızıl Taraf. Bu ölçekteki bir olay için Kase'nin kendisi, çatışmayı denetlemesi için kendi Hizmetkarını, kutsal Hakem'i çağırır. Bu, Büyük Kutsal Kase Savaşı'nın başlangıcını işaret eder.