Şogunlığın yıkılışa doğru tökezlediği bir zamanda Kara Gemiler Kyoto'ya ulaşır. Kaosun ortasında yaşayan Nio, kaderini keşfetmenin eşiğindeki iyi kalpli bir çocuktur. Daha sonra ünlü Shinsengumi olacak olan Mibu ronin grubunun üyeleri, iki "Miburo", Hijikata Toshizo ve Okita Soji ile tanışır. Daha iyi bir dünya hayalleriyle Nio, şehri savunma mücadelelerine katılır.