Dexter Morgan, forenzički analitičar za prskanje krvi za policiju Miami Metroa, tajno živi kao serijski ubica koji cilja samo druge ubice. Ove sezone, Dexter se bori sa pitanjima vere i sopstvenog "Mračnog Putnika" dok odgaja svog sina, Harrisona. Njegova sestra, Debra Morgan, policajka, unapređena je u poručnika, što je približava Dexterovom skrivenom svetu.

Centralni sukob nastaje pojavom "Ubica Sudnjeg Dana", Travisa Marshalla, verskog fanatika, i njegovog navodnog mentora, profesora Gellara. Oni čine jeziva ubistva inspirisana Biblijom, stvarajući složene scene širom Majamija. Dexter istražuje, u početku verujući da je Gellar glavni um. Međutim, šokantan obrt otkriva da je profesor Gellar mrtav tri godine, a Travis ga je halucinirao, čineći Travisa jedinim, zabludelim ubicom. Kako se Travisovi postupci eskaliraju, on otima Harrisona za konačni ritual žrtvovanja.

Dexter se suočava sa Travisom, na kraju ga ubijajući u svojoj sobi za ubijanje. U šokantnom vrhuncu, Debra stiže na scenu i svedoči Dexteru kako čini ubistvo, ostavljajući je zapanjenom i zauvek menjajući njihov odnos.

Sezona 6 serije Dexter pokriva epizode od 1 do 12. Evo svega što se desilo:

Sezona 6, Epizoda 1: Te Vrste Stvari - Dekster prisustvuje proslavi 20 godina mature, ciljajući bivšeg školskog druga za koga veruje da je ubio njegovu ženu. U međuvremenu, Dekster se bori sa duhovnim pitanjima dok razmatra katoličku predškolsku ustanovu za Harisona. Epizoda se završava Deksterovim ubistvom Džoa Vokera, a Debra postaje heroina zaustavljanjem naoružanog napadača.

Sezona 6, Epizoda 2: Jednom davno... - Dekster se upoznaje sa Bratom Semom, sveštenikom i bivšim osuđenikom koji vodi garažu za bivše zatvorenike. Debri je neočekivano ponuđena promocija u poručnika i bračna ponuda od Kvina, koju ona odbija. Dekster istražuje Brata Sema, verujući da je ubica, ali na kraju cilja i ubija Hulija Benesa, člana bande koji je pretio Semu. U međuvremenu, Travis i Profesor Geler pripremaju svoju sledeću žrtvu "Sudnjeg dana".

Sezona 6, Epizoda 3: Smokey and the Bandit - Dekster cilja na Voltera Kenija, serijskog ubicu iz njegove mladosti poznatog kao "Zubić Vila," koji sakuplja zube svojih žrtava. Dekster se suočava sa sopstvenom smrtnošću i potencijalnom budućnošću kao ubica u starosti. U međuvremenu, Debra se bori sa svojom novom ulogom poručnika, suočavajući se sa izazovima od LaGverte. Epizoda se završava sa Deksterom koji guši Kenija do smrti, a Travis i Geler prikazuju uznemirujući prizor ubijene džogerke vezane za četiri konja, signalizirajući apokalipsu.

Sezona 6, Epizoda 4: Konj Drugačije Boje - Dekster se bori sa verom nakon Harrisonove hitne operacije. U međuvremenu, istraga o "Ubici Sudnjeg Dana" se intenzivira uz jeziv prizor četiri konja i jahača. Travis Marshall, izmanipulisan od strane Gelara, učestvuje u smrtonosnoj zamci koja rezultira slučajnom smrću konobarice, koja je probodena ogrlicom sa šiljcima. Epizoda se završava sa Deksterom koji preispituje svoja uverenja i prirodu vere.

Sezona 6, Epizoda 5: Anđeo Smrti - Dekster istražuje Ubice Sudnjeg Dana, čija je poslednja žrtva ukrašena anđeoskim krilima. Sumnja da je Travis Maršal, radnik u muzeju, umešan. U međuvremenu, Brata Sema upuca nepoznati napadač. Dekster se suočava sa Travisom, koji tvrdi da je Profesor Geler mozak operacije, ali Dekster kasnije otkriva da je Geler mrtav već tri godine, a Travis ga halucinira. Epizoda se završava tako što Dekster poštedi Travisa, nameravajući da ga iskoristi da pronađe istinu.

Sezona 6, Epizoda 6: Samo Pusti - Dexter istražuje pucnjavu na Brata Sema, i na kraju otkriva da je Nik bio pucač. Uprkos Semovoj poslednjoj želji da Dexter oprosti Niku, Dexter davi Nika u okeanu. Epizoda se završava sa Dexterom koji vidi halucinaciju svog pokojnog brata, Brajana Mozera, koji aplaudira njegovim postupcima.

Sezona 6, Epizoda 7: Nebraska - Dekster putuje u Nebrasku nakon što sazna da je porodica Triniti Ubice na meti. Suočava se sa Džonom Mičelom, Trinitijevim sinom, koji priznaje da je njegova sestra izvršila samoubistvo, a on je zatim ubio njihovu majku u napadu besa. Dekster, pod uticajem duha svog brata Brajana, na kraju poštedi Džonu, odlučujući da ga pusti da živi sa svojom krivicom. Dekster se zatim odvozi, ostavljajući Brajanov mračni uticaj iza sebe.

Sezona 6, Epizoda 8: Greh Propusta - Dekster koristi učenja Brata Sema da bi pratio tragove Ubice Sudnjeg Dana, dok se Debra sukobljava sa Laguertom oko zatvorenog slučaja. Dekster se suočava sa Travisom, ubeđujući ga da pomogne u pronalaženju Gelara apelujući na "greh propusta". Gelar kidnapuje Travisovu sestru, Lizu, i koristi je u tablou, a Dekster otkriva napuštenu crkvu koja služi kao Gelarovo skrovište, gde pronalazi Travisa vezanog lancima. Gelar beži, ali Travis, sada potpuno posvećen da ga zaustavi, pristaje da pomogne Deksteru.

Sezona 6, Epizoda 9: Uhvati Gelara - Dekster prati Trevisa do napuštene crkve, samo da bi otkrio smrznuto telo profesora Gelara u zamrzivaču, otkrivajući da je Trevis delovao sam i halucinirao svog mentora. Dekster shvata da je Trevis pravi ubica. U međuvremenu, Debra se suočava sa Lagvertom u vezi sa nerešenim slučajem, a otkriva se da je Luis Grin ukrao dokaze.

Sezona 6, Epizoda 10: Ricochet Rabbit - Dekster otkriva da je Trevis jedini ubica, a ne Geler, i da je Geler samo halucinacija. Dekster beži iz Trevisove zamke i namešta Geleru ubistva. Trevis, sa fanatičnim parom, otima Holi Benson i prereže joj grkljan, dok se Dekster suočava i ubija "Sudnji dan Adama" u samoodbrani. Epizoda se završava sa Deksterom koji shvata potencijal za masovne žrtve zbog Trevisovih postupaka.

Sezona 6, Epizoda 11: Razgovaraj sa rukom - Dekster osujećuje Betin pokušaj da pusti otrovni gas u Majami Metro, ali i sam biva izložen. Travis beži nakon što onesposobi Dekstera i ostavi ga na brodu nameštenom da eksplodira. U međuvremenu, Debra se bori sa uznemirujućim otkrićima od svog terapeuta o njenim osećanjima prema Deksteru. Travis beži iz Deksterove zamke i postavlja novi triptih, "Jezero Vatre," sa Deksterom na brodu koji eksplodira, iako Dekster preživljava.

Sezona 6, Epizoda 12: Ovako se Svet Završava - U finalu sezone, Dexter se trka sa solarnim pomračenjem da zaustavi Trevisa, koji je kidnapovao Harisona za finalnu ritualnu žrtvu. Dexter se suočava sa Trevisom u neboderu, i nakon borbe, Dexter ubija Trevisa. Baš kada Dexter počini ubistvo, Debra svedoči tom činu, ostavljajući je u šoku i nepovratno menjajući njihov odnos. Dextera kasnije spasava iz okeana brod koji je prolazio.