No Japão Feudal, o povo de Edo está sob cerco de insetos gigantes que assolam a terra. O povo implora desesperadamente ao governo para que faça algo a respeito. Assim, o Escritório do Magistrado de Insetos é estabelecido, reunindo guerreiros fortes para defender contra o ataque de pragas. Mushibugyou acompanha Jinbee Tsukishima, um jovem que se esforça para ser um mestre espadachim como seu pai. Para expiar um incidente horrível que ocorreu por sua culpa, Jinbee busca assumir o lugar de seu pai como membro do Escritório do Magistrado de Insetos. Em sua jornada até lá, ele conhece a adorável Haru, uma jovem que ajuda a administrar a casa de chá de sua família, e é forçado a usar sua espada para salvá-la de um destino sombrio. Este ato de bravura lhe garante um lugar no Magistrado de Insetos. Será que este novato exterminador conseguirá livrar a terra da horda de insetos que a invade?