W feudalnej Japonii mieszkańcy Edo są oblężeni przez gigantyczne owady, które pustoszą ziemię. Ludzie desperacko błagają rząd, by coś z tym zrobił. W ten sposób powstaje Urząd Komisarza Owadów, gromadzący silnych wojowników do obrony przed plagą szkodników. Mushibugyou opowiada o Jinbee Tsukishimie, młodym człowieku dążącym do zostania mistrzem szermierki, tak jak jego ojciec. Aby odpokutować za straszliwy incydent, który wydarzył się z jego winy, Jinbee stara się zająć miejsce ojca jako członek Urzędu Komisarza Owadów. W drodze tam spotyka uroczą Haru, młodą kobietę, która pomaga prowadzić herbaciarnię swojej rodziny, i jest zmuszony użyć swojego miecza, by uratować ją przed ponurym losem. Ten akt odwagi przynosi mu miejsce w Urzędzie Komisarza Owadów. Czy ten początkujący łowca owadów zdoła oczyścić ziemię z roju rójcych się insektów?