Naruto ściśle śledzi życie chłopca, który budzi strach i niechęć wśród mieszkańców ukrytej wioski liścia Konoha. Nieufność wobec chłopca ma niewiele wspólnego z nim samym, lecz to, co kryje się w jego wnętrzu, powoduje niepokój. Długo przed narodzinami Naruta, Kyuubi (demoniczny lis) o wielkiej furii i mocy toczył wojnę, zabijając wielu ludzi. Walka trwała przez długi czas, aż do momentu, gdy mężczyzna znany jako Czwarty Hokage, Yondaime, najsilniejszy ninja w Konoha, dzielnie stawił czoła Kyuubi. Walka szybko zakończyła się zwycięstwem Yondaime'a, który uwięził złego demona w ludzkim ciele. W ten sposób narodził się chłopiec, Naruto. W miarę jak Naruto dorasta, postanawia zostać najsilniejszym ninja w Konoha, aby pokazać wszystkim, że nie jest tym, jakim go postrzegają, lecz człowiekiem godnym miłości i podziwu. Jednak droga do zostania Hokage, tytułem najsilniejszego ninja w Konoha, jest długa i trudna. To ścieżka pełna zdrady, bólu i straty; ale dzięki ciężkiej pracy, Naruto może osiągnąć tytuł Hokage.