Naruto: Shippuden to kontynuacja oryginalnego animowanego serialu telewizyjnego Naruto. Fabuła koncentruje się na starszym i nieco bardziej dojrzałym Uzumaki Naruto oraz jego misji uratowania przyjaciela Uchiha Sasuke z rąk wężowatego Shinobi, Orochimaru. Po dwóch i pół roku Naruto w końcu wraca do swojej wioski Konoha i zabiera się do realizacji swoich ambicji, choć nie będzie to łatwe, ponieważ zyskał kilku (bardziej niebezpiecznych) wrogów, w tym organizację shinobi; Akatsuki.