Kobato to słodka, radosna, urocza, a jednocześnie naiwna dziewczyna, która ma zadanie: aby dotrzeć do pewnego miejsca, musi napełnić tajemniczą butelkę "uzdrowionymi sercami" ludzi. Jednak ograniczeniem jest to, że musi zakończyć swoje zadanie przed końcem czterech pór roku. Podczas gdy Kobato stara się wypełnić swoją misję, towarzyszy jej Ioryogi, duch w formie pluszowego psa. Ponieważ Ioryogi jest odpowiedzialny za karę, która została nałożona na niego i jego przyjaciół ze świata duchów, musi prowadzić Kobato i zapewnić, że uda jej się zrealizować misję, aby on i jego przyjaciele mogli powrócić do swoich prawdziwych form.