『スターゲイトアトランティス』のシーズン1では、人類の探検隊がペガサス銀河へと出発し、そこで伝説の失われた都市アトランティスを発見します。文民外交官のエリザベス・ウィアー博士が率いるチームには、古代のテクノロジーを操作する珍しい遺伝的能力を持つ軍人ジョン・シェパード少佐と、新しい銀河で重要な同盟者および案内人となるアトシア人のリーダー、テイラ・エマガンが含まれています。彼らの主な目標は、アトランティスを探索し、その高度なテクノロジーを解明し、すぐに帰還する道がない遠い銀河で生き残る方法を見つけることです。しかし、彼らの到着は、人間を捕食する強力で寄生的な異星人種族であるレイスを不注意にも目覚めさせてしまい、レイスは探検隊にとって最も手ごわい敵となります。

シーズンは、チームが新しい故郷の課題を乗り越える中で、レイスの差し迫った脅威をすぐに確立します。アトランティスは当初水没していましたが、海面に浮上しますが、その電力備蓄は危機的に低い状態です。レイスとの初期の遭遇は残忍で、サマー大佐がレイスへの完全な変身を防ぐためにシェパードによって殺されるという衝撃的な瞬間に繋がります。探検隊はまた、ジェニーのような他の人類文明にも遭遇します。彼らは当初は単純な農民に見えますが、レイスと戦うための兵器を秘密裏に開発している軍事社会であることが明らかになります。レイスへの免疫を与えることを意図した危険なホファン薬は、服用した人々にとって悲劇的に致命的であることが判明します。シーズンが進むにつれて、レイスの意図は明らかになります。彼らはアトランティスを侵略し、そのスターゲイトを使って新しい捕食地である地球に到達する計画を立てています。

絶望的なクライマックスでは、大規模なレイス艦隊がアトランティスに接近し、チームは包囲戦の準備を余儀なくされます。準備中に、古代の防衛衛星が過負荷になった際にピーター・グロディン博士が死亡します。地球からの援軍は到着までまだ数日かかるため、アトランティスチームは、都市をクロークしてレイスに破壊されたと信じ込ませるという危険な計画を考案し、避けられない攻撃に備えます。

Stargate Atlantisのシーズン1は、エピソード1から20までをカバーしています。すべてをまとめると：

シーズン1、エピソード1：ライジング、パート1 - シェパード少佐を含むウェア博士のチームは、ペガサス銀河のアトランティスへ片道旅行に出る。彼らは都市が水没していること、そして電力が失われていることを発見する。古代の技術を使用できるシェパードの能力が重要になる。チームはアトス人を遭遇し、意図せずしてレイスを目覚めさせてしまう。エピソードは、チームが stranded になり、不確かな未来に直面して終わる。

シーズン1、エピソード2：ライジング、パート2 - アトランティスチームは、捕らえられたアトス人たちと共に、レイスに囚われる。シェパード、フォード、テイラは彼らを救出するために脱出する。サマーズ大佐はレイスに変えられた後、シェパードによって殺される。アトランティスのシールドが機能しなくなり、海面に浮上する。エピソードは、アトス人たちがアトランティスに入植する場面で終わる。

シーズン1、エピソード3：かくれんぼ - マッケイがベケットの遺伝子治療をテストし、個人用シールドに閉じ込められる間、アトス人の子供が誤ってシャドウクリーチャーを解き放ってしまう。クリーチャーはアトランティスのエネルギーを吸収し、機能不全を引き起こす。チームはエンティティをスターゲイトを通して無人の惑星へおびき寄せる。

シーズン1、エピソード4：38分 - ヴォイド星から帰還中、シェパードはイラタス・バグに襲われる。チームのパドルジャンパーがスターゲイトに挟まってしまい、ゲートが閉まるまで残された時間はわずか38分となる。テイラはシェパードの遺体と共にワームホールに入る。マッケイとゼレンカは、ジャンパーのスラストポッドを手動で引き込もうと作業する。フォードはジャンパーの減圧を行い、ゲートを通過させる。

シーズン1、エピソード5：疑念 - 繰り返し行われるレイスの襲撃の後、ウェアはアトス人に裏切り者がいるのではないかと疑う。ウェアはアトス人を閉じ込め尋問し、緊張が高まる。これによりホーリングは激怒し、集団離脱を引き起こす。シェパードはテイラが首にかけていたネックレスに隠されたレイスの送信機を発見し、アトス人の潔白を証明する。レイスが捕らえられ、将来の対立を予感させる。

シーズン1、エピソード6：Childhood's End - アトランティスチームは、ワスプを避けるために25歳で儀式的な自殺を行う住民がいる惑星に不時着する。マッケイは、ZPMによって動力を供給される古代の電磁シールドを発見する。彼はそれを無効にし、意図せずワスプに警告してしまう。チームはシールドを再起動し、指導者ケラスに犠牲の伝統を再考するよう説得する。チームは出発し、村人たちを義務的な自殺の儀式から解放された不確かな未来に直面させる。

シーズン1、エピソード7：井戸に毒を盛る - アトランティスチームは、レイスに対する免疫を得るための薬を開発しているホファンに出会う。ベケット博士は彼らを支援するが、ホファンは人体実験を急ぐ。致死率50％にもかかわらず、彼らは自国民に予防接種を行うことを決定する。薬はレイスに対して効果的であることが証明されるが、同時に致命的でもあるため、広範囲にわたる病気を引き起こす。エピソードは、薬の副作用によりホファン人の人口が厳しい未来に直面しているという認識で終わる。

シーズン1、エピソード8：地下 - 食糧不足に直面したアトランティスチームは、一見単純な農民であるジーニーと交渉する。しかし、彼らはジーニーがレイスと戦うために秘密裏に核兵器を開発している軍事社会であることを発見する。レイスのデータを収集する任務中、タイラスはレイスに殺され、テイラは彼を置き去りにする。相互の裏切りを経て同盟は解消され、チームは貴重なレイスの情報を入手する。

シーズン1、エピソード9：ホーム - アトランティスチームは、エネルギー豊富な大気を持つ惑星を発見し、それを使って地球にダイヤルする。彼らは故郷に帰還するが、奇妙な出来事が、エネルギー生命体によって作り出された幻であることを明らかにする。そのエネルギー生命体は、ゲートが起動されると殺される。チームはアトランティスに戻るが、プロメテウスのハイパードライブが破壊された事故を知り、救出の望みは打ち砕かれる。

シーズン1、エピソード10：嵐 - アトランティスを巨大なハリケーンが襲う中、チームは避難を計画する。マッケイとゼレンカは、嵐のエネルギーを利用して都市のシールドに電力を供給するという危険な計画を考案する。コルヤ率いるゲニイがアトランティスに潜入し、ウェアとマッケイを捕らえる。シェパードは、嵐が襲来する前にゲニイを阻止し、アトランティスを侵略から救わなければならない。エピソードは、ウェアとマッケイが人質となるところで終わる。

シーズン1、エピソード11：目 - アトランティスに巨大な嵐が接近する中、コールヤ司令官と彼のゲニー兵士たちは都市を占拠し、ウェアとマッケイを人質に取る。シェパードはゲニー軍を分断するため、都市を破壊する一人芝居を繰り広げる。シェパードはゲートシールドを作動させ、ゲニーの増援部隊を殺害する。コールヤは撃たれ、スターゲイトを通り抜けて落下する。嵐は収まり、アトランティスは救われる。

シーズン1、エピソード12：反抗者 - シェパードのチームは墜落したレイスの船を調査し、アブラムス博士を殺し、ギャル博士の血を吸う冬眠中のレイスを発見する。レイスはジャンパーを乗っ取るが、シェパードはマッケイの助けを借りてレイスをおびき出す。フォード中尉が現れ、ドローン攻撃でレイスを破壊する。

シーズン1、エピソード13：ホットゾーン - 嵐の後、調査チームは致死性のナナイトウイルスが放出され、幻覚と死を引き起こす研究所を発見する。市全体に検疫が開始される。シェパードとテイラは、防護服を着て、感染者を追跡する。ウイルスを根絶するために、シェパードはアトランティスの上空でナクアダジェネレーターを爆破する。ナノウイルスは根絶され、都市は通常の状態に戻る。

シーズン1、エピソード14：サンクチュアリ - アトランティスチームは、謎のエネルギーフィールドに守られた、一見するとレイスのいない惑星に遭遇する。彼らは、秘密裏にアセンデッド・エンシェントであるチャヤという巫女に率いられた、前技術社会を発見する。チャヤは部外者にサンクチュアリを提供するのを拒否するが、アトランティスを訪れ、シェパードとの間に繋がりを生む。最終的に、チャヤはレイスの攻撃から惑星を守るために故郷へ戻り、自身の真の姿と力を明らかにする。

シーズン1、エピソード15：眠る前に - アトランティスチームは、冷凍睡眠状態にある高齢の女性を発見する。彼女は、別のタイムラインのワイア博士であることが判明する。彼女は、アトランティスが水没し、多くの死者が出たという悲惨な到着について語る。ワイアは過去に戻って出来事を改変しようとするが、現在で死んでしまう。若いワイアは、年老いた自分自身の灰を街に撒く。

シーズン1、エピソード16：ブラザーフッド - シェパードのチームは、ダガンでZPMを探し、ジェニーと地元のブラザーフッドに出会う。彼らはパズルを解くが、コリャのチームは犠牲者を出す。アライナ率いるブラザーフッドは、古代人が戻るまでZPMを守らなければならないと信じており、譲るつもりはないことを明かす。レイスのダーツがアトランティスをスキャンする。

シーズン1、エピソード17：ペガサスからの手紙 - 迫りくるレイスの艦隊に直面し、アトランティスチームは個人的なメッセージを含むデータバーストを地球に送る準備をします。シェパードとテイラはレイスを偵察し、オリンの村に援助を約束しますが、彼らの安全は保証できません。チームは心からのメッセージを記録します。エピソードは、地球への送信の成功で締めくくられ、アトランティスが差し迫ったレイスの攻撃に備える中、厳粛な別れを告げます。

シーズン1、エピソード18：贈り物 - テイラは悪夢に悩まされ、古代の祖先への実験により自身にレイスのDNAがあることを発見する。これにより、彼女はレイスと精神的な繋がりを持つようになる。情報収集を試みる中、レイスがテイラを操り、彼らの地球侵略計画を明らかにする。エピソードは、レイスが新たな餌場である地球を目指してアトランティスに向かっているという認識で終わる。

シーズン1、エピソード19：包囲網、パート1 - アトランティスにレイスのハイブ船が接近する中、マッケイのチームは古代の衛星兵器を再起動しようとする。テイラは疑いをかけられる。衛星が過負荷を起こし、グローディンが死亡する。ウィアーは自爆装置を起動する。レイスの潜入者、ボブが発見される。エピソードは、アトランティスが避けられないレイスの攻撃に備えるところで終わる。

シーズン1、エピソード20：包囲網、パート2 - レイスが迫る中、アトランティスは避難の準備を進め、自爆装置を起動する。エベレット大佐率いる地球からの増援が到着するが、状況は依然として絶望的だ。チームはゲニイの協力を仰ぎ、核兵器を確保する。最終的に、彼らは都市の上空に核兵器をビームで送り込んだ後、都市を不可視化する計画を立て、レイスをアトランティスが破壊されたと信じ込ませる。