封建時代の日本、江戸の人々は大地を荒らす巨大昆虫の脅威にさらされていた。人々は政府に救いを求め、ここに「蟲奉行所」が設立され、害虫の襲来から守るため屈強な武士たちが集められる。 「蟲奉行所」は、父のような剣豪を目指す若者、月島仁兵衛の物語。過去の過ちによる悲劇を償うため、仁兵衛は父の跡を継ぎ、蟲奉行所のメンバーとなることを誓う。道中、彼は茶屋を営む美しい娘、春と出会う。仁兵衛は彼女を恐ろしい運命から救うため、剣を振るうことを余儀なくされる。この勇気ある行動が認められ、彼は蟲奉行所に加わることになる。 新米退治屋の仁兵衛は、襲い来る昆虫の大群からこの地を解放することができるのか？