ナルト: シップーデンは、オリジナルのアニメシリーズ「ナルト」の続編です。物語は、少し成長したうずまきナルトが、蛇のような忍者・大蛇丸の手から友人・うちはサスケを救うための冒険を繰り広げる様子を中心に展開します。2年半の時を経て、ナルトはついに故郷の木ノ葉の里に帰還し、自らの野望を実現しようとしますが、彼は危険な敵、忍者組織・暁をはじめとするいくつかの敵を抱えているため、簡単にはいきません。