シーズン2、エピソード1：懐石 - エピソードは、ハンニバルとジャック・クロフォードの激しい戦いのフラッシュフォワードで幕を開け、ジャックは重傷を負う。12週間前、ウィル・グラハムはハンニバルの罪で投獄されているが、彼の精神は晴れ、ハンニバルによる操作を思い出し始める。それには、アビゲイル・ホッブズの耳を無理やり食べさせられたことも含まれる。ハンニバルはウィルの以前の役割を引き継ぎ、被害者から「人間のカラーパレット」を作り出す殺人犯の新しい事件でFBIを支援する。エピソードは、穀物サイロの恐ろしい展示に縫い付けられた被害者が目を覚ます場面で終わる。

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シーズン2、エピソード2：サキヅキ - エピソードは、人間の壁画の犠牲者が脱出し、殺害者から逃げようとして死ぬところから始まる。投獄されたウィルは、ベバリー・カッツに証拠を再検討するよう、さりげなく操作し始める。一方、ハンニバルはウィルとの歪んだセラピーを続ける。ますます疑念を抱くベデリア・デュ・モーリエ博士は、ハンニバルとの関係を断ち切る。エピソードは、ハンニバルが壁画の芸術家を殺害し、彼を自身の「傑作」に取り込み、そして芸術家の足を食事として準備するところで終わる。

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シーズン2、エピソード3：ハッスン - ウィル・グレアムの殺人裁判が始まり、ジャック・クロフォードはウィルを限界まで追い詰めたことについて証言する。ウィルの弁護士に人間の耳が送られてきて、模倣犯の存在を示唆する。その後、執行官のアンドリュー・サイクスが自宅で死体で発見され、仕掛けが施されていた。ハンニバル・レクターは証言し、ウィルを助けようとするが、彼の証言は証拠として認められない。エピソードは裁判官の殺害で終わり、ウィル・グレアムの裁判は無効となる。

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シーズン2、エピソード4：タキアワセ - 治療を受けているウィル・グレアムは、ハンニバルが彼の脳炎を操作し、彼に罪を着せたことに気づく。一方、ジャックの妻ベラは自殺を図るが、ハンニバルによって蘇生される。ウィルの主張を調査するビバリー・カッツは、秘密裏にハンニバルの家へ潜入し、冷凍庫で証拠を見つける。エピソードは、ビバリーがハンニバルの地下室で衝撃的な光景を発見し、その後銃声が響き、彼女の死が暗示されるところで終わる。

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シーズン2、エピソード5：向づけ - フレディ・ラウンズは、ハンニバル・レクターによって展示されたビバリー・カッツの切断された死体を発見する。独房から、ウィル・グレアムは看守のマシュー・ブラウンを操り、ハンニバルを殺害させる。アベル・ギデオンはウィルの計画をアラナ・ブルームに明かし、ジャック・クロフォードの介入を促す。クロフォードは看守に絞首刑にされそうになったハンニバルを救い、看守は射殺される。エピソードは、ウィルの精神的な転落の深まりを象徴する、血で溢れるウィルの流し台で終わる。

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シーズン2、エピソード6：二枚目 - ウィルはジャックにハンニバルがチェサピーク・リッパーだと説得しようとする。新たなリッパーの犠牲者が出た後、ハンニバルはディナーパーティーを開く。

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シーズン2、エピソード7：焼き物 - ウィル・グレアムは精神病院から釈放される。ハンニバルは、生きて発見されたミリアム・ラスを操り、チルトン博士を犯人に仕立て上げようとする。

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シーズン2、エピソード8：スザカナ - ウィルは馬の中から発見された女性の遺体を捜査し、ピーター・バーナードーネと彼の操作的なソーシャルワーカー、クラーク・イングラムにたどり着く。ウィルとハンニバルはピーターを守るために競い合い、最終的にイングラムがピーターによって馬の中に縫い付けられているのを発見する。ウィルはイングラムを撃とうとするが、ハンニバルが介入し、親指でその銃弾を阻止し、イングラムを救う。エピソードは、ハンニバルがウィルの予測不可能性を称賛する言葉で締めくくられる。

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シーズン2、エピソード9：シイザカナ - BAUは、ハンニバルの元患者であるランドール・ティアであることが判明した、機械仕掛けの獣のスーツを使う殺人犯を捜査する。ハンニバルはティアを操り、彼の「種族ディスフォリア」を助長し、最終的にウィルの家へ送り込む。ウィルは、ランドール・ティアを正当防衛で殺害する。エピソードは、ウィルがランドールの切断された遺体をハンニバルの食卓に提示し、「これでチャラだ」と宣言して終わる。

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シーズン2、エピソード10：ナカ・チョコ - ウィルはランドール・ティアを殺害し、ハンニバルと協力して遺体で恐ろしい博物館の展示を行う。フレディ・ラウンズは彼らの活動を調査し、ウィルの納屋で人骨を発見する。マーゴット・ヴァーガーは虐待的な兄メイソンについてハンニバルに助言を求める。エピソードは、ウィルとハンニバルが食事を共にするところで終わり、ウィルは彼らがフレディ・ラウンズを食べていることを明かす。

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シーズン2、エピソード11：紅の者 - ウィルとハンニバルは、フレディ・ラウンズの焼死体が見つかり、彼女の死亡について話し合う。マーゴット・ヴァーガーはウィルの子供を妊娠していることを明かす。ハンニバルはメイソンを操り、マーゴットの残忍な mutilation と赤ちゃんの喪失へと導く。エピソードは、フレディ・ラウンズが生きているという衝撃的な明かされ方で幕を閉じる。彼女はウィルとジャックの罠の一部だったのだ。

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シーズン2、エピソード12：トメ・ワン - ウィル・グレアムとハンニバル・レクターは、ウィルがハンニバルの最期を思い描く、ねじれたセラピーセッションを続ける。ジャック・クロフォードはベデリア・デュ・モーリエを連れてくる。彼女は、自身の誘発された殺人を含む、ハンニバルの操作的な影響を明らかにする。メイソン・ヴァーガーはハンニバルを誘拐し、豚の餌にするつもりだ。しかし、ウィルはハンニバルを拘束から解放し、ハンニバルはメイソンに薬を飲ませ、自分の顔を切って食べさせるよう説得し、彼を醜く麻痺させたままにする。

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シーズン2、エピソード13：水物（みずもの） - シーズンフィナーレでは、ジャック・クロフォードがハンニバルと対峙し、激しい戦いの末、ジャックは重傷を負う。アラナ・ブルームが駆けつけるが、生きていることが判明したアビゲイル・ホッブズによって窓から突き落とされる。その後、ハンニバルはウィル・グレアムの腹を切り裂き、アビゲイルの喉を掻き切ると、ベデリア・デュ・モーリエと共に飛行機で逃亡する。