シーズンは、冥夜の守り人の指導者であるジョン・スノウが死んだところから始まります。デイヴォス・シーワースを含む彼の忠実な者たちは彼の遺体を守りますが、鉄の玉座の請求者であるデナーリス・ターガリエンはドスラク人の戦士に捕らえられます。中心的な対立は、ウェスタロスにおける権力闘争と、迫りくるホワイト・ウォーカーの脅威を中心に展開します。

重要な転換点には、魔女メリサンドルによるジョン・スノウの衝撃的な復活が含まれます。一方、ラムジー・ボルトンは父親を殺害してウィンターフェルを掌握します。デナーリスはドスラク人のカールの生きたまま焼き殺すことで捕虜から脱出し、その権力を確固たるものにします。後に、ホドーはアンデッドの大群からブランとミーラを救うために自らを犠牲にします。キングズランディングでは、サーセイがワイルドファイアでグレート・セプ・オブ・ベラーを爆破し、敵を殺害して鉄の玉座に就きます。

シーズンは、ジョン・スノウが北の王と宣言される一方で、アリア・スタークがウォルダー・フレイに復讐を果たすところで終わります。デナーリスはドラゴンと艦隊を率いてウェスタロスへ向かう船出し、戦争の準備を整えます。

Game of Thronesのシーズン6は、エピソード1から10までをカバーしています。すべてをまとめると：

シーズン6、エピソード1：赤の女 - ジョン・スノウの死後、デイオスと忠実な者たちはソーンの手から彼の遺体を守る。ドーンでは、エリア・サンドがドラン王子とその息子トリスタンを殺害し、権力を掌握する。デナーリスはドスラク人に捕らえられる一方、アリアは盲目の訓練を続ける。エピソードは、古代の女性であることが明かされたメリサンドルがジョン・スノウを蘇らせる場面で締めくくられる。

シーズン6、エピソード2：ホーム - ダヴォスが懇願した後、メリサンドルによってジョン・スノウが蘇生される。ラムゼイ・ボルトンは、ウィンターフェルと北部を掌握するために父のルース・ボルトンを殺害する。ブランは父の若い頃の幻を見る。アリアは訓練を続ける。エピソードは、ジョン・スノウが目覚め、無事ではあるが、永遠に変わってしまった姿で終わる。

シーズン6、エピソード3：裏切り者 - ジョン・スノウは蘇り、すぐにオリーを含む裏切り者たちを処刑した後、ナイツウォッチの指揮権を放棄し、「私の務めは終わった」と宣言する。ブランはジョイの塔で若いネッド・スタークの幻を目撃し、ネッドの友人ハウランド・リードが戦いに介入する。一方、ラムジー・ボルトンはスモールジョン・アンバーから囚人となったリック・オン・スタークとオシャを受け取り、アーヤ・スタークは「誰もいない」という自分自身のアイデンティティを受け入れた後、視力を回復する。エピソードは、ジョン・スノウがキャッスル・ブラックを離れ、新たな道を切り開くところで終わる。

シーズン6、エピソード4：見知らぬ人の書 - ジョン・スノウは壁でサンサ・スタークと再会し、ラムゼイ・ボルトンからの脅迫状を受け取った後、ウィンターフェル奪還を決意する。デナーリス・ターガリエンは、ドスラクのカールたちを焼き殺すことで捕虜から脱出し、その力を確固たるものにする。一方、オシャはラムゼイを欺こうとするが、彼に殺される。エピソードは、デナーリスが炎の中から勝利して無傷で現れるところで終わる。

シーズン6、エピソード5：扉 - ブランの幻視はホワイト・ウォーカーの起源を明らかにし、若い頃の「ワイリス」にウィンターリングすることで、意図せずホドーの運命を作り出してしまう。アンデッドの大群から逃れる途中、ホドーは扉を押さえて犠牲になり、ミーラとブランを逃がす。三つ目の鴉は死に、ナイトキングはブランに印をつけ、彼らを逃亡させることを余儀なくさせる。

シーズン6、エピソード6：我が血の血 - ブランとミーラはブランの叔父であるベンジェン・スタークに救われる。ベンジェンはホワイト・ウォーカーの襲撃後、森の子らに救われたことを明かす。キングズランディングでは、トメンが王権と信仰を統合し、ハイ・スパローに絶大な権力を与える。暗殺を命じられたアリアは任務を放棄し、剣ニードルを取り戻す。サムウェル・ターリーは家族のヴァリリア鋼の剣、ハートベインを盗み、ジリとリトル・サムと共に逃亡する。デナーリスはドロゴンと再会し、ドスラク軍を糾合する。エピソードは、ジェイミー・ラニスターがリヴァーランへブラックフィッシュと対峙するために派遣されるところで終わる。

シーズン6、エピソード7：壊れた男 - ハウンドが再び姿を現し、セプトンとその信者たちと平和に暮らしていたが、彼らは旗印なき兄弟団に虐殺される。アリア・スタークは、ブラーボスからの逃亡を試みる最中、ワイルドによって複数回刺される。一方、ジェイミー・ラニスターはブラックフィッシュとの交渉に失敗し、マーゲリー・タイレルは祖母に、まだゲームを続けていることを秘密裏に合図する。エピソードは、虐殺に激怒したハウンドが再び斧を手に取るところで終わる。

シーズン6、エピソード8：誰もいない - アリア・スタークは、顔のない男としての訓練を受け入れたように見え、暗い路地でウェイフを殺害するが、その後ジャクェン・フ=ガーに自分の正体を明かし、ウィンターフェルのアリア・スタークであり、家に帰ると宣言する。一方、ジェイミー・ラニスターはエダムール・タリーにリヴァーランを降伏させることに成功し、デナーリス・ターガリエンはウェスタロスへ船出する。

シーズン6、エピソード9：落とし子の戦い - ジョン・スノウは、ラムジー・ボルトンの軍勢に対して絶望的な突撃を指揮する。残酷で血みどろの戦いの後、リック・スタークが殺され、ジョンは圧倒されそうになる。しかし、サンサ・スターク率いるヴァラーの騎士たちのタイムリーな到着が戦局を変える。ジョンはラムジーを打ち破り、ラムジー・ボルトンは自身の猟犬に食い殺され、ウィンターフェルはスターク家に奪還される。

シーズン6、エピソード10：ウィンターの風 - デナーリスは艦隊とドラゴンと共にウェスタロスへ向けて出航する。キングズランディングでは、サーセイがワイルドファイアでグレート・セプ・オブ・ベラーを爆破し、敵を殺害して鉄の玉座に就く一方、トメンは自殺する。アリア・スタークはウォルダー・フレイとその息子たちを殺害し、復讐を果たす。ジョン・スノウは、北部と谷の領主たちによって北の王と宣言される。ブラン・スタークはジョンの出自の真実を知る。