千鳥かなめは現代日本の普通のティーンエイジャーです。少なくとも、彼女はそう思っていましたが、宗介・サガラという少年が彼女の周りをつきまとい、完全に偏執的な軍事オタクのように振る舞い始めたことで、事態は変わります。彼女の修学旅行がハイジャックされ、北朝鮮に連れて行かれると、かなめは誘拐され、自分が「ウィスパード」であると告げられます。ウィスパードは遺伝的異常であり、数学、科学、技術に関する膨大な先進的知識を持って生まれた存在です。宗介は彼女を救出に来て、彼が秘密軍事組織MITHRILの訓練された専門家であり、世界を守り、ウィスパードがテロリストに悪用されるのを防ぐために誓ったことを明らかにします。自分が何者であり、宗介が何をするために送られたのかを知った今、彼女は高校生活を無事に乗り切ることができるのでしょうか？