シーズン3、第1話：ノー・マス - 壊滅的な飛行機事故の後、ウォルトは罪悪感とスカイラーの離婚の決意に苦悩する。一方、サラマンカのいとこたちは、ハイゼンベルクを求めて復讐の旅を北へ始める。リハビリを終えたジェシーは、「悪い」男としての自分の役割を受け入れ、エスカレートする対立の舞台を整える。エピソードは、いとこたちが国境を越える際に、自分たちを認識する者を容赦なく排除する場面で締めくくられる。

シーズン3、第2話：名無しの馬 - ウォルトは、フロントガラスのひび割れが原因で交通検問中に警察官と激しい衝突を起こし逮捕される。一方、ジェシーはソウル・グッドマンを利用して両親に叔母の家を相場よりはるかに安い価格で売却させる。エピソードは、サラマンカのいとこたちがウォルトを自宅で暗殺しようとするが、ガス・フリングの介入によって阻止されるという結末を迎える。

シーズン3、第3話：I.F.T. - ウォルトはスカイラーの元に戻るが、スカイラーは警察に電話し、法的手段がないことを知ると、弁護士にウォルトのメス製造について告白し、テッド・ベネキーと不倫を始める。一方、ジェシーはジェーンの死と格闘し、カルテルのいとこたちはガス・フリングからウォルトへの復讐を控えるよう警告される。エピソードは、スカイラーがウォルトに「テッドと寝たわ」と告げ、和解の望みを打ち砕いて終わる。

シーズン3、第4話：グリーンライト - ウォルトはテッド・ベネキーと対峙し、彼を敷地から追い出し、結果としてソウル・グッドマンを弁護士として解雇する。一方、ジェシーは自作のメスを売ろうとするが、ウォルトによって劣悪品とみなされる。エピソードは、ウォルトがビクターから金の入った袋を受け取る場面で終わり、これはガスが引き続き関与していることを意味し、文字通りの交通信号のグリーンライトは、ウォルトが再び、しぶしぶながらもメスビジネスに戻る道を示唆している。

シーズン3、第5話：Más - このエピソードは、ジェシーがウォルトのRVの金をストリップクラブで使い、コンボから盗まれたRVを購入する回想シーンから始まる。現在、ウォルトはガスからの料理に戻る申し出を拒否するが、ガスは彼に新しいラボを見せる。一方、ハンクのRVの捜査はコンボの母親につながり、間接的にジェシーを彼の視界に入れる。エピソードは、ウォルトがメスの料理に戻り、ガスからの申し出を受け入れたように見える一方で、ジェシーはウォルトの裏切りに激怒し、ウォルトの修理されたばかりのフロントガラスを叩き壊して終わる。

シーズン3、第6話：サンセット - ハンクのジェシーに対する捜査は彼をキャンピングカーへと導き、ウォルトは破壊を試みることを余儀なくされる。マリーのための偽の自動車事故を仕組むという必死の策略でハンクを遠ざけ、キャンピングカーは粉砕され、重要な証拠を効果的に消し去る。一方、ガスは従兄弟たちと会い、彼らの復讐の矛先をハンクへと巧妙にそらし、事実上ハンクの死亡宣告に署名する。

シーズン3、第7話：一分 - ハンク・シュレイダーは、妻の状態について誤った情報を与えられた後、ジェシー・ピンクマンを容赦なく暴行する。一方、サラマンカのいとこ、レオネルとマルコは、駐車場でハンクを待ち伏せし、激しい銃撃戦となる。ハンクは2人の暗殺者を殺害するが、自身も重傷を負う。ウォルトはジェシーを説得し、メスラボのパートナーとして復帰させることに成功する。

シーズン3、第8話：I See You - ハンクが入院して回復する中、ウォルターはゲイルを解雇し、ジェシーをラボのパートナーとして復帰させる。生き残ったサラマンカのいとこは、病院でウォルターを見かけ、最後の血なまぐさい襲撃を試みるが、鎮圧され、最終的に死亡する。一方、ガス・フリングは、カルテルのボス、フアン・ボルサの死を画策し、大きな脅威を取り除く。エピソードは、ウォルターが複雑な事後処理を行い、ガスが権力を強化する様子で締めくくられる。

シーズン3、第9話：カフカ的 - スカイラーは、ハンクの広範囲にわたる医療費を支払うため、ウォルトのギャンブルでの勝利について説得力のある話をでっち上げ、その行動はウォルトのしぶしぶながらの賞賛を得る。ジェシーは、ガスにメスを調理して得られるわずかな利益に不満を持ち、余った製品を盗んで自分で売ることを決意し、バジャーとスキニー・ピートを仲間に引き入れる。ウォルトとガスは、ビジネス上の取り決めに関して新たな理解に達し、ガスはウォルトの家族が安全であることを保証する。エピソードは、スカイラーがウォルトに詰め寄り、「ハンクがここにいるのはあなたのせいよ、そして私はそれを忘れない」と述べ、彼の襲撃への関与に対する彼女の疑念が高まっていることを暗示して終わる。

シーズン3、第10話：ハエ - ウォルトは、スーパーラボにいる一匹のハエを殺すことに執着する。そのハエがメスを汚染することを恐れているのだ。その執着は彼とジェシーを消耗させる。閉じ込められている間、ウォルトは罪悪感と格闘し、ジェーンの死における自分の役割を告白しかける。エピソードは、ジェシーがついにハエを叩き落とすことで終わるが、ウォルトは内なる葛藤に悩まされ続け、眠ろうとすると別のハエを見つける。これは彼の罪悪感と執着から逃れられないことを示唆している。

シーズン3、第11話：アビキュー - ジェシーは、アンドレアの弟、トマスがコンボ殺害の責任者だと知り、トマスに詰め寄り、ウォルトの製品だと確認するために彼からメスを購入する。一方、スカイラーはウォルトの資金洗浄のために洗車場を買収することを提案し、ガスはウォルトに「同じ過ちを二度と犯すな」と警告する。エピソードは、ジェシーがコンボが殺害された角を訪れる場面で終わる。

シーズン3、第12話：中途半端な対策 - 友人のコンボの殺害と、売人たちが子供を利用していることに激怒したジェシーは、復讐を計画する。マイクはウォルトに「中途半端な対策」について警告し、彼の寛大さが死につながった話を語る。ウォルトはジェシーの身を案じ、劇的に介入し、2人の売人を車で轢き、その後自ら処刑する。エピソードは、ウォルトが唖然とするジェシーに「逃げろ」と言う場面で終わる。

シーズン3、第13話：フル・メジャー - 死が迫る中、ウォルトはジェシーを操り、自分たちの命を救うためにゲイル・ベティカーを殺させる。ウォルトはガスの部下たちに捕らえられ、殺されそうになるが、ジェシーに最後の電話をかけさせてくれと説得する。彼はジェシーにゲイルを殺すように指示し、ジェシーは涙ながらに実行する。エピソードは、ウォルトが自分の後釜を排除したことに気づくと同時に、ガス・フリングという強力な敵を作ってしまったことに気づいて終わる。

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