時々（ときどき）は、歴史の授業で単位を落としてしまった日本の高校生。補習のために、江戸時代を仮想現実に再現したハイテク歴史博物館に送られることになる。しかし、単なる学校の課題のはずだったものが、鵺（ぬえ）と夜行（やこう）と呼ばれる二体の妖怪に襲われ、左目を失明したことで、事態は思わぬ方向へ転がり出す。鵺から口羽（くちは）という少女に助けられた時々だったが、自分がシミュレーションゴーグルを外しておらず、仮想の江戸に閉じ込められてしまったことに気づくのだった。