B: The Beginning è ambientato in un futuro in cui gli scienziati hanno tentato di creare l'"essere umano perfetto" nella speranza di mantenere la pace nell'universo. Dopo aver quasi raggiunto il loro obiettivo attraverso diversi bambini, gli scienziati inviano i loro "nuovi umani" per un ulteriore addestramento, dove vengono rapiti da un'organizzazione malvagia determinata a usare i loro poteri per attuare il proprio concetto di un nuovo ordine mondiale.