Sepuluh tahun telah berlalu sejak pertempuran dahsyat melawan Unicron. Banyak Decepticon yang bertempur dalam pertempuran melawan Unicron kini bekerja sama dengan Autobot untuk menambang Energon, sumber energi alternatif. Namun, sumber kejahatan baru telah bangkit, Alpha Q, yang berencana mencuri Energon dari Autobot dengan bantuan Scorponok dan Terrorcons. Kejahatan baru ini berusaha membangkitkan kembali Megatron dan Unicron demi menyalakan kembali api perang lama.