"Misi T" adalah perang bayangan para mata-mata dan intelijen rahasia yang dilancarkan untuk mencegah kehancuran dunia. Kisah ini mengikuti Botan Negoro, yang telah berlatih sebagai ninja sejak kecil dan tumbuh menjadi mata-mata berbakat. Ia bekerja sama dengan Kuruma, seorang mata-mata yang piawai dalam teater, dalam misi baru dengan nasib dunia dipertaruhkan: untuk mengambil kembali "Kristal Tesla," "warisan" dari penemu jenius Serbia-Amerika, Nikola Tesla. Namun, negara lain dan agen-agen mereka sudah bergerak untuk mengamankan Kristal Tesla, dan Botan serta Kuruma harus menggunakan seluruh kecerdasan mereka untuk mengakali mereka.