Stargate Universe mengikuti sekelompok tentara, ilmuwan, dan warga sipil yang harus bertahan hidup saat mereka terpaksa melewati Stargate ketika basis rahasia mereka diserang. Para penyintas yang putus asa muncul di atas kapal kuno, yang terjebak dalam jalur yang tidak diketahui dan tidak dapat kembali ke Bumi. Dihadapkan dengan kebutuhan paling dasar akan makanan, air, dan udara, kelompok ini harus membuka rahasia Stargate kapal untuk bertahan hidup. Bahaya, petualangan, dan harapan yang mereka temukan di atas Destiny akan mengungkapkan pahlawan dan penjahat di antara mereka.