Kaito, seorang siswa SMA kelas satu yang menyukai teka-teki, terpilih sebagai kandidat untuk "Phi Brain". Ia dan temannya, Nonoha, menemukan "teka-teki yang tak terpecahkan" di dekat sekolah mereka. Teka-teki itu ternyata adalah "teka-teki filsuf" yang mengancam jiwa, diciptakan oleh kelompok misterius P.O.G. (Puzzle Of God). Setelah berhasil memecahkan teka-teki itu, Kaito ditunjuk sebagai Solver dan bergabung dengan Solver lainnya dalam pertempuran melawan P.O.G. di seluruh dunia dengan memecahkan "teka-teki filsuf".