Shio Ogura, seorang siswa SMA Jepang yang tampak biasa saja, tiba-tiba diserang oleh monster saat mengunjungi Taiwan dalam perjalanan sekolah. Para agen yang dikenal sebagai "E-Gene Holders" dari lembaga pemerintah DOGOO juga tiba, yang memegang senjata yang dipenuhi dengan roh tokoh-tokoh sejarah. Namun di tengah semua itu, Shio terungkap juga sebagai E-Gene Holder ketika jiwa Oda Nobunaga terbangun setelah dia mencoba menyelamatkan seorang teman.