Ninja Senshi Tobikage menceritakan kisah seorang anak laki-laki bernama Joe Maya. Suatu hari, Joe, yang tinggal di Mars, menyaksikan pertempuran antar alien. Pasukan dari Planet Zaboom menyerang seorang putri dari Planet Radorio, yang telah melarikan diri dari kaisar Zaboom yang berencana menaklukkan alam semesta dan terdampar di Mars. Joe tanpa sengaja naik ke kapal sang putri, ini memulai serangkaian peristiwa yang akan mengubah hidup mereka. Joe dan teman-temannya menggunakan tiga robot binatang buas yang kuat melawan kaisar Zaboom dan pasukannya, tetapi peluang sangat tidak menguntungkan mereka. Ketika semua harapan tampaknya sirna, robot ninja misterius bernama Tobikage muncul entah dari mana untuk memberikan bantuan, mampu bergabung dengan 3 robot binatang buas memberikan Tobikage kekuatan yang tak tertandingi, dengan bantuannya Joe melawan pasukan Zaboom...