Serial ini berpusat pada Nadia, seorang gadis muda yang asal-usulnya tidak diketahui, dan Jean, seorang penemu muda asal Prancis. Di awal cerita, kedua protagonis dikejar oleh Grandis Granva, Sanson, dan Hanson, sekelompok pencuri permata yang memburu Nadia karena liontin permata biru yang dimilikinya. Setelah diselamatkan oleh Kapten Nemo dan kapal selamnya, Super Sea Cruiser Nautilus, para pencuri permata dan para protagonis muda bersatu dan berpartisipasi dalam perjuangan melawan pasukan Neo-Atlantis, yang berupaya mendominasi dunia. Dalam prosesnya, Nadia dan Jean menyelamatkan dunia dari dominasi kejam pasukan Neo-Atlantis yang dipimpin oleh Gargoyle, menjelajahi misteri dunia dan kekuatan liontin biru, mengungkap ikatan keluarga Nadia yang tersembunyi, dan akhirnya menemukan asal-usul rahasia Nadia.