Di alam semesta futuristik, umat manusia berperang melawan ras raksasa yang dikenal sebagai Zentradi. Menghadapi kepunahan di tangan musuh mereka, umat manusia melarikan diri ke bintang-bintang. Pada tahun 2059 Masehi, armada Imigrasi Raksasa ke-25, yang juga dikenal sebagai Macross Frontier, memulai perjalanannya menuju pusat galaksi. Sebagian besar kehidupan di Macross Frontier berjalan normal. Namun, ketika penyanyi terkenal Sheryl Nome berkunjung, keadaan menjadi kacau. Alien biomekanik misterius yang dikenal sebagai Vajra muncul dan menyerang, tepat saat warga sibuk berebut Sheryl. Pilot mech siswa berusia 17 tahun, Alto Saotome, bergabung dalam pertempuran melawan ancaman alien. Saat bertempur melawan Vajra, Alto menyelamatkan seorang gadis muda bernama Ranka Lee. Mayor Ozma Lee mencatat keahlian Alto selama pertempurannya, dan merekrutnya ke dalam program Strategic Military Services. Namun, rekrutmennya tidak berjalan mulus, karena hantu masa lalu Alto datang menghantuinya.