Pada tahun 2067, delapan tahun setelah peristiwa di Macross Frontier, penyakit mematikan baru, "Var Syndrome", mengancam galaksi. Unit Musik Taktis, "Walkure", di bawah perlindungan Valkyrie "Delta Team", bersatu untuk memerangi ancaman baru ini. Selama wabah Var Syndrome, unit Walkure tiba-tiba diserang oleh Tim Valkyrie misterius "Aerial Knight" dari Kerajaan Angin, yang motivasinya masih menjadi misteri...