Berlatar di Jepang tahun 1969 alternatif, sekelompok remaja istimewa dikumpulkan di bawah operasi rahasia pemerintah yang dikenal sebagai Aegis, untuk melawan musuh yang berusaha menguasai bumi... yang disebut "Invader". Invader dapat mengubah warga biasa menjadi zombie di bawah kendali mereka, dan hanya agen Aegis, yang disebut Gate Keeper, yang memiliki kemampuan khusus untuk membuka "Gerbang" yang memisahkan dimensi Invader dan dimensi kita, dan mampu membasmi mereka. Serial ini dibuka dengan siswa SMA biasa Ukiya Shun menyaksikan serangan Invader, dan dengan cepat menyadari bahwa dia adalah salah satu dari mereka yang memiliki kekuatan khusus, lalu direkrut ke dalam Aegis. Setiap agen memiliki kemampuan dan metode serangan yang berbeda, mulai dari panah sihir hingga musik piano halusinogen! Yang juga krusial dalam cerita adalah Ruriko muda, anggota Aegis yang berpengalaman yang harus bekerja keras untuk membuktikan nilainya setelah Shun yang jelas-jelas kuat bergabung dengan tim.