Kaname Chidori adalah remaja biasa di Jepang modern. Setidaknya, itulah yang dia pikirkan sebelum seorang anak laki-laki bernama Souske Sagara mulai mengikutinya, bertindak seperti orang militer yang sangat paranoid! Segalanya mulai terungkap ketika perjalanan sekolahnya dibajak dan dibawa ke Korea Utara, di mana Kaname diculik dan diberitahu bahwa dia adalah seorang Whispered. Whispered adalah anomali genetik, makhluk yang dilahirkan dengan pengetahuan yang sangat luas tentang matematika, sains, dan teknologi yang sangat maju. Souske datang untuk menyelamatkannya, mengungkapkan bahwa dia adalah spesialis terlatih di organisasi militer rahasia MITHRIL, yang bersumpah untuk melindungi dunia dan menjaga Whispered agar tidak disalahgunakan oleh teroris. Sekarang dengan pengetahuan tentang siapa dirinya dan apa yang harus dilakukan Souske, bisakah dia menjalani masa SMA-nya dengan selamat?