Cowboy Bebop bercerita tentang tiga pemburu bayaran, alias "koboi," yang semuanya berusaha lari dari masa lalu. Sekalipun berbeda, Spike Spiegel, Jet Black, dan Faye Valentine membentuk kru yang tangguh dan sarkastik, siap memburu para kriminal paling berbahaya di tata surya — dengan harga yang pantas. Namun, mereka hanya bisa berkelahi dan melontarkan sindiran keluar dari begitu banyak perkelahian sebelum masa lalu mereka akhirnya mengejar mereka.