Pada tahun 2016, bencana di sebuah pembangkit listrik tenaga nuklir mencemari Tokyo, memaksa pemerintah untuk memerintahkan warganya mengungsi. 20 tahun kemudian, Tokyo telah menjadi kota hantu akibat tingkat radiasi yang tinggi sehingga pemerintah melarang siapa pun masuk. Ketika sinyal darurat diterima dari area tersebut, Pasukan Bela Diri Darat Jepang mengirimkan tiga gadis dari unit khusus Coppelion untuk mencari penyintas di ibu kota yang hancur.