Masa depan yang nyaris tiba, di mana manusia telah dikalahkan oleh parasit virus bernama Gastrea. Mereka diasingkan ke wilayah kecil dan hidup dalam keputusasaan, hidup berdampingan dalam ketakutan. Di dunia yang terperangkap dalam kegelapan ini— Rentaro, seorang anak laki-laki yang tinggal di dekat Tokyo dan anggota "Keamanan Sipil"—sebuah organisasi yang berspesialisasi dalam melawan Gastrea—terbiasa menyelesaikan tugas-tugas berbahaya. Rekannya adalah Enju, seorang gadis muda yang cerdas. Mereka bertarung berkat kekuatan unik mereka sampai suatu hari, ketika mereka menerima tugas khusus dari pemerintah. Misi rahasia ini adalah untuk mencegah kehancuran Tokyo... Berlatar di masa depan yang nyaris tiba, kisah aksi heroik yang mendebarkan ini... dimulai sekarang!