Batman Beyond menceritakan kisah Terry McGinnis yang dulunya hanyalah seorang remaja biasa... hingga ayahnya dibunuh secara misterius. Mencurigai adanya permainan curang di perusahaan ayahnya, Wayne/Powers Corporation, Terry bertemu dengan Bruce Wayne dan mengetahui identitas rahasia yang tersembunyi selama beberapa dekade. Kini terlalu tua untuk melawan ketidakadilan, Wayne adalah bayangan pahit dari dirinya yang dulu dan menolak untuk membantu. Jadi Terry melakukan apa yang akan dilakukan anak muda yang nekat: mencuri Batsuit dan mengambil tindakan ke tangannya sendiri! Bertekad untuk membalas kematian ayahnya, Terry mengenakan kostum canggih - dilengkapi dengan jetpack untuk terbang, mikrofon super sensitif untuk menyadap, dan bahkan kemampuan kamuflase - dalam pencariannya terhadap pembunuh ayahnya.