Tree Fu Tom raconte les incroyables aventures d'un jeune garçon nommé Tom qui, grâce au pouvoir de la "magie du mouvement" appelée "Tree Fu", peut se transformer en un super-héros magique, minuscule mais puissant, et voyager dans un royaume enchanté et merveilleux appelé Treetopolis, qui existe dans un arbre de son jardin.