Dans un futur proche, après la dernière grande guerre, la majeure partie de l'humanité vit dans une poignée de cités-États. Là, pour l'élite privilégiée, la vie devrait être parfaite. Mais pour le jeune Shion, la seule chose parfaite a été le cauchemar que sa vie est devenue depuis qu'il a laissé un étrange garçon nommé Nezumi passer la nuit dans son appartement. Banni dans la périphérie de la ville et privé de tous ses privilèges pour avoir aidé l'étranger mystérieux qui a depuis disparu, Shion se retrouve maintenant en danger encore plus grand alors que son enquête sur une nouvelle série de morts mystérieuses aboutit à son arrestation pour suspicion de meurtre ! Mais alors même que Shion est envoyé à l'Institut Correctionnel de la ville, Nezumi, longtemps disparu, réapparaît pour le sauver ! Désormais en fuite, les deux jeunes hommes n'ont qu'une seule chance de survie : découvrir les secrets mystérieux qui se cachent au cœur sinistre de No. 6 !