B: The Beginning se desarrolla en un futuro donde los científicos han intentado crear al "humano perfecto" con la esperanza de mantener la paz en el universo. Tras casi alcanzar su objetivo a través de varios niños, los científicos envían a sus "nuevos humanos" para un entrenamiento adicional, donde son secuestrados por una organización malvada que pretende usar sus poderes para implementar su propia concepción de un nuevo orden mundial.