Von den Machern von Cowboy Bebop kommt Samurai Champloo! Irgendwann im 17. bis 19. Jahrhundert, während der japanischen "Edo-Zeit", treffen zwei Samurai-Krieger namens Mugen und Jin zufällig auf ein 15-jähriges Mädchen namens Fuu. Durch eine Reihe von Ereignissen führt Fuu die Krieger auf eine Reise zu verschiedenen Orten in Japan, um den Samurai zu finden, der nach Sonnenblumen riecht. Wenig ahnen die drei einzigartigen Charaktere, wohin das Schicksal sie durch Situationen von Sex, Gewalt und Drogen führen wird.