Naruto: Shippuden ist die Fortsetzung der ursprünglichen animierten TV-Serie Naruto. Die Geschichte dreht sich um einen älteren und etwas reiferen Uzumaki Naruto und seine Suche, seinen Freund Uchiha Sasuke aus den Fängen des schlangenartigen Shinobi Orochimaru zu retten. Nach zweieinhalb Jahren kehrt Naruto endlich in sein Dorf Konoha zurück und beginnt, seine Ambitionen in die Tat umzusetzen, obwohl es nicht einfach sein wird, da er sich einige (gefährlichere) Feinde, wie die Shinobi-Organisation Akatsuki, gemacht hat.