Die Serie dreht sich um Nadia, ein junges Mädchen unbekannter Herkunft, und Jean, einen jungen französischen Erfinder. Früh in der Geschichte werden die beiden Protagonisten von Grandis Granva, Sanson und Hanson verfolgt, einer Gruppe von Juwelendieben, die Nadia wegen des blauen Juwelenanhängers hinterherjagen, den sie besitzt. Nachdem sie von Kapitän Nemo und seinem U-Boot, dem Super-Seekreuzer Nautilus, gerettet wurden, verbünden sich die Juwelendiebe und die jungen Protagonisten und nehmen am Kampf gegen die neo-atlantischen Streitkräfte teil, die die Weltherrschaft anstreben. Dabei retten Nadia und Jean die Welt vor der gewaltsamen Herrschaft der neo-atlantischen Streitkräfte unter der Führung von Gargoyle, erforschen weltliche Mysterien und die Kräfte des blauen Anhängers, decken Nadias verborgene familiäre Bindungen auf und entdecken schließlich Nadias geheime Herkunft.