Im Japan der nahen Zukunft tauchen groteske Monster namens "Mushi" auf. Sie infizieren Menschen und verleihen ihnen übernatürliche Kräfte. "Mushitsuki", die Wirte der Mushi, werden von der Gesellschaft gefürchtet, verachtet und verlassen... oder sie werden von den Mushi getötet. Inmitten dessen trifft der Oberschüler Kusuriya Daisuke auf dem Weg zu der Schule, auf die er gerade gewechselt ist, auf ein Mädchen. Irgendwie fühlen er und das Mädchen, Anmoto Shiika, die dort am Bahnübergang steht, sich zueinander hingezogen. Als ob sie in der anderen das erkennen, was ihnen selbst fehlt, vertieft sich ihre Beziehung rapide. Shiika ist jedoch eine Flüchtige aus GARDEN, einer geheimen Anstalt für Mushitsuki. Tokkan, oder die Sonderbehörde für Umweltschutz, die für die Suche nach Mushitsuki und deren Einweisung in die Anstalt zuständig ist, befiehlt Kakko, ihrem Top-Agenten und stärksten Mushitsuki, die Jagd aufzunehmen.