In einem futuristischen Universum führte die Menschheit Krieg gegen eine Rasse von Riesen, bekannt als Zentradi. Vom Aussterben bedroht durch ihre Feinde, floh die Menschheit zu den Sternen. Im Jahr 2059 n. Chr. unternimmt die 25. Giant Immigration Fleet, auch bekannt als Macross Frontier, ihre Reise zum Zentrum der Galaxie. Größtenteils verläuft das Leben auf der Macross Frontier normal. Doch als die berühmte Sängerin Sheryl Nome zu Besuch kommt, gerät alles aus den Fugen. Mysteriöse biomechanische Aliens, bekannt als Vajra, tauchen auf und greifen an, gerade als die Bürger sich um Sheryl drängen. Der 17-jährige Mech-Pilot-Student Alto Saotome schließt sich dem Kampf gegen die außerirdische Bedrohung an. Während eines Kampfes gegen einen Vajra rettet Alto ein junges Mädchen namens Ranka Lee. Major Ozma Lee bemerkt Altos Fähigkeiten während seines Kampfes und rekrutiert ihn für das Strategic Military Services Programm. Doch seine Rekrutierung verläuft nicht reibungslos, da die Geister von Altos Vergangenheit ihn heimsuchen.