Eines Tages, während sie das Online-Spiel Elder Tales spielen, finden sich 30.000 Spieler plötzlich in einer anderen Welt gefangen wieder. Dort bleibt auch der acht Jahre lang erfahrene Gamer Shiroe zurück. Die gefangenen Spieler leben noch, doch sie befinden sich weiterhin im Kampf mit den Monstern. Die Spieler verstehen nicht, was mit ihnen passiert ist, und fliehen nach Akiba, der größten Stadt Tokios, wo sie ins Chaos gestürzt werden. Shiroe, der einst stolz auf seinen Einzelgänger-Lebensstil war, gründet mit seinem alten Freund Naotsugu, der Assassinin Akatsuki und anderen die Gilde Log Horizon.