Basierend auf Holden Sheppards preisgekröntem Roman desselben Namens folgt Invisible Boys drei Teenagern in der Küstenstadt Geraldton, Westaustralien, auf ihrem Weg durch Identität, Freundschaften und komplexe Familiendynamiken. Im Mittelpunkt von Invisible Boys stehen Zeke, Charlie und Hammer, die jeweils mit ihren eigenen Herausforderungen ringen und nach Akzeptanz und Zugehörigkeit suchen. Vor dem Hintergrund des Plebiszits zur gleichgeschlechtlichen Ehe im Jahr 2017 erforscht die Serie die Herausforderungen, mit denen eine Gruppe schwuler Teenager in der abgelegenen Küstenstadt Geraldton, WA, konfrontiert ist, nachdem einer von ihnen nach einer Begegnung mit einem verheirateten Mann in den sozialen Medien geoutet wird. Während die Gruppe eine enge Freundschaft entwickelt, finden die Jungen Trost und Unterstützung bei einander und erkunden ihre Wünsche und Identitäten in einer Welt, die sie oft unsichtbar macht.