Inukami! dreht sich um Keita Kawahira, einen Nachkommen eines Inukami-Zähmers, der von seinem Clan aufgrund seiner Einstellung zu seinen Pflichten als Versager angesehen wird. Inukami, wörtlich "Hundegott", sind wohlwollende Wesen mit spirituellen Kräften. Sie sind eine Art Dämon mit dem Aussehen eines Hundes, der sich in menschliche Form verwandeln kann. Zusammen mit einem Partner aus dem historischen Inukami-Zähmer-Clan handeln sie, um das Böse zu vernichten und die Rechtschaffenheit zu verbreiten. Keita kann anfangs keinen Inukami finden, mit dem er sich verbinden kann, doch schließlich beschließt eine wunderschöne Inukami namens Yoko, seine Inukami zu werden, was Keita überglücklich macht. Seine Freude währt jedoch nicht lange, als er entdeckt, dass sie eine sehr problematische und unkontrollierbare Inukami ist. Von da an wird Keitas Leben von endloser Peinlichkeit geprägt.