Edward Elric, ein junger, brillanter Alchemist, hat in seinem zwölfjährigen Leben viel verloren: Als er und sein Bruder Alphonse versuchen, ihre verstorbene Mutter durch den verbotenen Akt der menschlichen Transmutation wiederzubeleben, verliert Edward seine Familie sowie zwei seiner Gliedmaßen. Mit seinen überragenden alchemistischen Fähigkeiten bindet Edward Alphonse' Seele an eine große Rüstung. Ein Jahr später, nun zum Staatlichen Fullmetal-Alchemisten befördert, begibt sich Edward mit seinem jüngeren Bruder auf eine Reise, um den Stein der Weisen zu finden. Das sagenumwobene mythische Objekt soll in der Lage sein, die Fähigkeiten eines Alchemisten sprunghaft zu steigern, wodurch sie das grundlegende Gesetz der Alchemie umgehen können: Um etwas zu gewinnen, muss ein Alchemist etwas von gleichem Wert opfern. Edward hofft, die Ressourcen des Militärs nutzen zu können, um den sagenhaften Stein mit seiner Macht zu finden und die Körper von ihm und Alphonse wieder normal zu machen. Doch die Brüder Elric entdecken bald, dass es mehr an dem legendären Stein gibt, als es auf den ersten Blick scheint, während sie zum Epizentrum eines weitaus dunkleren Kampfes geführt werden, als sie je hätten erahnen können.