In einer leicht futuristischen Welt, in der die Erde von Außerirdischen aus einer anderen Dimension namens Nova überfallen wurde und sich im Krieg befindet, folgt die Geschichte den Abenteuern eines japanischen Jungen namens Kazuya Aoi. Er meldet sich zum Training an einer Sonderschule für genetisch veränderte Mädchen, den sogenannten Pandoras, an, die gegen die Außerirdischen kämpfen, und deren männliche Partner, die Limiters, die eine besondere Kraft namens "Freezing" nutzen, um die Bewegungsfähigkeit ihres Gegners einzuschränken. Der Protagonist lernt ein ungewöhnliches älteres Mädchen namens Bridgette L. Satellizer kennen, die als die mächtigste Pandora ihrer Klasse zu sein scheint, aber noch keinen männlichen Partner als ihren Limiter gewählt hat. Trotz der Warnungen all seiner Freunde beschließt er, ihr Limiter zu werden.