B: The Beginning spielt in einer Zukunft, in der Wissenschaftler versucht haben, den "perfekten Menschen" zu erschaffen, in der Hoffnung, den Frieden im Universum zu sichern. Nachdem sie ihr Ziel durch mehrere Kinder fast erreicht haben, schicken die Wissenschaftler ihre "neuen Menschen" zur weiteren Ausbildung, wo sie von einer bösen Organisation entführt werden, die ihre Kräfte einsetzen will, um ihr eigenes Konzept einer neuen Weltordnung zu implementieren.