Yıl T.C. 4767. İnsanlığın doğum yeri olan Dünya gezegenini terk etmesinden dört bin yıl geçti. Düşman uzaylı Gnosis'in kuşatması altındaki insanlık, varoluşlarına yönelik bu tehdidi yenmenin yollarını arıyor. Vector mühendisi Shion Uzuki tarafından inanılmaz yeteneklere sahip özel bir android olan KOS-MOS'un geliştirilmesi, tehdide verilen yanıtlardan biriydi.